Cette espèce se rencontre dans une variété d'habitats, des forêts méditerranéennes aux zones arides, mais aussi à proximité des habitations humaines, notamment les décharges et les zones cultivées (Clark et Davies 2018). Au Maroc, elle est actuellement observée sur les plateaux cultivés et dans les milieux boisés, avec des gorges présentant des falaises, à une altitude moyenne (400 à 1 400 m) (Cuzin 2019). Cette espèce niche généralement sur des corniches ou dans des grottes de falaises (Thevenot et al. 2003). Les vautours percnoptères construisent généralement leurs nids avec des brindilles, mais aussi avec des matériaux artificiels, et élèvent un ou deux oisillons, rarement trois (Clark et Davies 2018, H. Benmammar, observation personnelle). Des cas de polyandrie ont été rapportés en Europe (Perennou et al. 1987, Tella 1993). Selon Clark et Davies (2018), il est principalement charognard, bien qu'il dépende moins des grandes carcasses dont il ne peut se nourrir qu'après le passage d'autres grands vautours. Il peut également capturer des proies vivantes telles que des tortues et des insectes, et se nourrit d'œufs d'oiseaux et de restes organiques dans les décharges et les abattoirs. En Algérie, le vautour percnoptère est présent en groupes dans toutes les décharges, en compagnie du grand corbeau (Corvus corax) et du milan noir (Milvus migrans) (A. Fellous-Djardini, M. Saheb, observations personnelles), tandis qu'en Égypte, il est présent dans les zones à faible densité de population humaine (A. Riad, observations personnelles). L'espèce est généralement solitaire, mais les vautours se rassemblent sur les sites d'alimentation et de repos (Ceballos et Donázar 1990). Amezian et ElKhamlichi 2016). La majorité des individus des populations nicheuses du nord sont des migrateurs au long cours qui hivernent en Afrique subsaharienne. Les juvéniles restent souvent dans leur aire d'hivernage pendant plus d'un an après leur première migration (López-López et al. 2014, Oppel et al. 2015, Buechley et al. 2018). Quelques migrateurs hivernent probablement en Égypte (Goodman et al. 1989). Des colonies nocturnes communes d'oiseaux non nicheurs se forment, généralement dans sur les falaises, mais aussi occasionnellement dans les arbres (Ceballos et Donázar 1990, Clark et Davies 2018). En Afrique du Nord, un seul dortoir communautaire a été trouvé dans l'aire de reproduction du Moyen Atlas au Maroc (Amezian et El Khamlichi 2016) et deux à Aïn Mlila (Mont Kef Nsser) en Algérie (M. Saheb, observations personnelles).