Il fréquente les zones proches des eaux peu profondes et tolère suffisamment la présence humaine pour survivre en milieu périurbain, voire urbain ; dans certains cas, il s’est même adapté localement à une activité humaine intense (Bai et al., 2009). Cependant, il est généralement intolérant aux perturbations lorsque celles-ci menacent son nid (Monti et al., 2018b). Par exemple, la pression touristique maritime constitue la principale menace pour la reproduction du balbuzard pêcheur en Corse (Monti et al., 2018b). Il niche de fin mars à début août (Thevenot et al., 2003) et la plupart des couples sont monogames, mais des trios polygames peuvent se former, bien que rarement, lorsque les mâles peuvent facilement défendre deux nids. En Méditerranée, les sites de nidification sont généralement des falaises rocheuses proches de zones de pêche en eau salée ou saumâtre (Monti et al., 2013). Il peut également se reproduire sur des structures de nidification artificielles dans les zones humides côtières, notamment dans le cadre de projets de réintroduction. Le nid est un amas important de brindilles et de débris flottants, tapissé d'herbes et d'autres végétaux disponibles, généralement installé en hauteur (jusqu'à 30 m du sol) dans un arbre exposé, une falaise ou une structure artificielle. La ponte compte de un à quatre œufs. Son régime alimentaire est presque exclusivement composé de poissons vivants (par exemple, des espèces du genre *Liza* et *Diplodus*) (Poole 2020, Billerman et al. 2020). L'espèce migre sur de larges fronts et n'est pas dépendante des ponts terrestres lors de sa migration (Snow et Perrins 1998, Ferguson-Lees et Christie 2001). Les migrateurs commencent leur déplacement vers les basses latitudes en août et arrivent en octobre, pour revenir en mars et avril (Ferguson-Lees et Christie 2001). En Méditerranée, l'espèce est principalement sédentaire, certains individus effectuant de courts déplacements entre les périodes de reproduction, restant aux latitudes tempérées. Des migrations vers le Sahel sont également possibles (Monti et al., 2018c). Les balbuzards pêcheurs sont opportunistes et adaptent leur comportement au lieu et aux plans d'eau disponibles, la possibilité de pêcher étant probablement leur critère le plus important. Ils fréquentent parfois les estuaires, les marais et autres eaux côtières, ainsi que les lacs et les étangs situés à l'intérieur des terres. Lors de la migration, ils peuvent utiliser tout type de plan d'eau où la pêche est possible (poissons de taille moyenne se trouvant près de la surface, à une profondeur maximale d'un mètre).